La filtration de l'air des blocs opératoires peut poser des problèmes sporadiques. En effet, certaines bactéries peuvent se sporuler et présenter une charge électrique très importante. Au bout d'un certain temps, la charge électrique dans les filtes HEPA devient trop grande et de micro-décharges électriques peuvent survenir propulsant les spores en dehors du filtre.
Le seul moyen est de pouvoir stériliser les filtres in situ et périodiquement. Idéalement, il est préférable d'utiliser des filtres métalliques pour pouvoir les chauffer directement par effet Joule.